El Depósito Franco de Bilbao se constituyó y autorizó por Real Decreto Ley el 30 de Julio de 1918 como instrumento auxiliar en el comercio internacional, sin ánimo de lucro, estando formado por la Cámara de Comercio, Industria y Navegación de Bilbao, Excelentísima Diputación Foral de Bizkaia y Autoridad Portuaria de Bilbao.
A mediados de 1920, el Depósito Franco de Bilbao estableció sus instalaciones principales en el área de Santurtzi, constituyendo la avanzadilla de la expansión del Puerto de Bilbao en dicha zona y que con las lógicas transformaciones han permanecido hasta nuestros días.
En el año 1931 el Depósito Franco de Bilbao ocupó la instalación de Uribitarte que permaneció a pleno funcionamiento hasta el año 1974 en el que obligado por la presión urbanística y el aumento de las dimensiones de buques trasladó su actividad al Canal de Deusto donde permanecerá hasta principios del año 2002.
El 29 de abril de 2002 se inaguraron las oficinas Centrales de la Entidad, situadas en las instalaciones del muelle Reina Victoria, en el Puerto de Santurtzi donde se desarrollan todas sus actividades.
