En el Depósito Franco de Bilbao, se realizan usualmente operaciones de import-export, comercialización de productos, distribución nacional e internacional, transformaciones industriales, operaciones de perfeccionamiento, etc. Ofrece adicionalmente servicios de almacenaje, manipulación, mantenimiento de mercancías, cargas y descargas, consolidación y desconsolidación de contenedores, clasificación y preparación de clases comerciales, ensacado, reenvasado, etiquetado y en general sencillas manipulaciones, todo ello con una gran simplicidad de trámites aduaneros y realizaron con personal y maquinaria propia.

El Depósito Franco de Bilbao está reconocido por el London Metal Exchange como punto autorizado para el almacenaje de metales no férricos (principalmente aluminio, estaño, plomo, zinc, cobre y níquel) e igualmente autorizado para operar como depósito fiscal para el almacenaje, manipulación y precintaje de todo tipo de bebidas alcohólicas y tabacos.